Non credo che dipenda dalla temperatura più bassa: da quando anch'io ho cambiato la centralina mi sono accorto del problema, ma a differenza della tua, la mia è un modello del 92 dotata di sensore del cavalletto.
A cavalletto abbassato fa fatica ad accendersi, come dici tu, mentre a cavalletto alzato parte al 1° colpo di starter...non chiedermi perchè ma credo sia un problema di elettronica interna della centralina. A parte questo, diciamo "difetto" la centralina va che è una bellezza.
Anche tu hai comperato una centralina da una sessantina di euro sulla Baya? Modello per Domi 89 senza sensore cavalletto? ...il mistero si infittisce...